سه هدف اصلی دبیرخانه دیده‌بانی نظام سلامت در مؤسسه ملی تحقیقات سلامت که مأموریت آن را شکل می دهد:
1.مشارکت در تولید اطلاعات مورد نیاز حوزه سلامت
دبیرخانه دیده‌بانی نظام سلامت مؤسسه ملی تحقیقات سلامت براساس مأموریت خود تلاش دارد برنامه‌ریزی برای جمع‌آوری داده‌های مورد نیاز حوزه سلامت (که از نظر کمی و کیفی مورد قبول باشد) را در سطح جمعیت انجام دهد و این برنامه را بعد از تأیید کلیدی‌ترین ذینفعان در سطح ملی اجرا نماید؛
2.تسهیل استفاده از اطلاعات تولید شده در حوزه سلامت
اطلاعات تولید شده بیشتر از آن که فقط با هدف تولید اطلاعات خوب جمع‌آوری شود، با هدف تدوین، پایش و ارزیابی سیاست‌ها، برنامه‌ها و مداخلات سلامتی تولید می شود و لذا برای تولید آنها مهم‌ترین تعهدات کشور (در سطح بین المللی و ملی) در نظر گرفته می‌شود (در این مرحله تعهدات منطقه‌ای و فروملی لحاظ نمی شود). برای ایفای این نقش، دبیرخانه دیده‌بانی صرفا به شکل فعال واسط (Broker) بین تولیدکنندگان و مصرف کنندگان اطلاعات (در سطح ملی) می باشد؛
3. ایجاد راهکار برای کاربست اطلاعات
دبیرخانه دیده‌بانی نظام سلامت مؤسسه، با اطلاعات تولید شده سه حوزه کلیدی را بهم مرتبط می کند:

الف-محققین (شامل گروه های تحقیقاتی، دانشگاه ها و مراکز تحقیقاتی)؛

ب-کارشناسان و مدیران میانی مرتبط با حوزه سلامت (شامل افرادی که هم در وزارت بهداشت و هم سایر مراکز مرتبط با سلامت هستند)؛ 

ج- گروه های ذینفع اصلی شامل سیاستگذاران، مدیران ارشد حوزه سلامت (در سطح وزارت بهداشت)، نهادهای بین المللی و تأمین کنندگان هزینه تولید اطلاعات. 

مؤسسه ملی تحقیقات سلامت (و نه فقط دبیرخانه دیده بانی سلامت) با ایفای نقش سوم می تواند در واقع به عنوان یک واسط؛ فرهنگ سازمانی استفاده از اطلاعات ملی در سطح کشور را بین سه گروه مذکور (که در بسیاری از مواقع دارای اولویت های یکسان نیستند، چارچوب زمانی یکسان برای اجرای اقدامات و مداخلات ندارند و محدودیت های متفاوت دارند)؛ را بهبود و ارتقاء بخشد.